פרופ׳ מרגלית למד רפואה באוניברסיטה העברית בירושלים והשלים את התמחותו ברפואת עיניים בהדסה עין כרם. לאחר מכן המשיך להתמחות-על בתחום מחלות הרשתית במכון וילמר של המרכז הרפואי גון הופקינס (Johns Hopkins University) שבארה"ב ושם גם עסק במחקר לפיתוח פרוטזה אלקטרונית להחזרת ראיה לעוורים. פרוטזה זו זכתה לאישור השתלה בארה״ב ובאירופה. פרופ' מרגלית פיתח יכולות מיוחדות בתחומים רבי סיכון כגון רטינופטיה של פגות (כולל טיפולי לייזר, זריקות  וויטרקטומיות) ורטינופטיה הקשורה לזיהומים וירליים.